1、子宫穿孔：妊娠周数愈大，危险机率愈高;流产次数愈多，穿孔机会也愈大。其它如子宫位置、形状异常或以前动过手术的子宫(如剖腹产或肌瘤切除)皆有较大的穿孔机会。

2、子宫颈或内膜粘黏：在进行人工流产时，如果医师的手法太过粗鲁，就很有可能导致子宫颈或内膜受伤、发炎，就有可能产生术后的子宫颈或内膜粘黏、并会引起月经异常，如无月经或月经量过少。严重者会在以后产生不育症的情况。

3、子宫颈受伤：在人流的过程，如果不小心，扩张宫颈口的速度太快，都有可能造成子宫颈的损伤，并造成以后怀孕较容易流产的情形，尤其是第一次怀孕或尚未生育过的妇女比较容易发生。

4、麻醉：若麻醉师没有掌握好，实行麻醉时可能造成吸入性肺炎或呼吸停止的状况。

5、不完全流产：如果手术施行不完全，少量胎儿组织残留于子宫内，可能影响子宫收缩而造成持续出血或造成粘黏、感染等情况。最好再仔细做一次手术清除残余的组织。子宫的位置或形状不正常，一般比较容易造成此后遗症。