复方消化酶适用于治疗消化不良、食欲低下、嗳气、早饱、餐后腹胀、恶心、排气过多、脂肪便等的治疗，一般建议饭后单独服用。

该药中所含的胃蛋白酶能使蛋白质分解成多肽及少量氨基酸；木瓜酶可水解动植物蛋白，提高蛋白质利用率；淀粉酶能使淀粉分解为易于吸收的糊精与麦芽糖；熊去氧胆酸能增加胆汁酸分泌，提高胰酶活性；纤维素酶能降解植物细胞壁，促进营养物质的消化吸收等。其中，胃蛋白酶、淀粉酶等都是消化酶。人体内酶的活性都需要在一定的环境下，才能存活并发挥作用，消化酶也是如此。它们的活性很容易受环境影响，如温度、酸碱度、金属离子等。

含金属离子的药物会影响消化酶作用，如铝制剂、铋制剂等可能影响复方消化酶的活性，不宜同时服用。此外，中药和中成药的化学成分复杂，可能对复方消化酶有影响，也不建议同时用。如果慢性病患者正在服其他药，建议咨询医生。而保存消化酶时注意远离热源，以免影响酶活性。